NAT对应用协议同样有一些影响。总体上讲，在应用协议中，如果发送的数据中包含有IP地址或协议端口号，那么，NAT就不能直接向内部主机转发数据报。
例如文件传输协议FTP使用TCP连接，并在文件传输过程中以ASCII码发送协议端口号。这样，如果文件传输的连接需要经过NAPT从一个内部主机到达Internet上的主机，那么，数据流中的端口号必须改为和NAPT选择的端口号一致，而不是内部主机的端口。
总之，NAT影响了ICMP和更高层的协议。除了类似FTP的少数几个标准应用，把IP地址或协议端口号作为数据传送的应用协议将无法利用NAT正常操作。